Serim, istifa dilekçesinde "YÖK Başkanvekili’nin ’Kuran kursları cemaat ve tarikatlara bırakılmalıdır’ yolundaki ifadesi ve YÖK Başkanı’nın basına yaptığı ’yeni sınav sisteminde farklı katsayı uygulaması kaldırılacak’ açıklaması son noktayı koymuştur" ifadesini kullandı. Serim, Cumhurbaşkanlığı makamına sunulmak üzere Yükseköğretim Kurulu Başkanlığına sunduğu istifa dilekçesinde, "Kurulun artık konulara yalnızca siyasal iktidar gibi bakmakla kalmadığını, anayasal konumunu bir yana bırakarak, iktidardaki partinin programını ve ideolojisini gerçekleştirmeye çalışan bir kurul durumuna getirildiğini" öne sürdü.

Bülent Serim, "Türbanın üniversitelerde serbest bırakılmasına ilişkin YÖK Başkanlık genelgesinin, kamu kurumu niteliğindeki meslek örgütlerinin denetim ve yönetimlerinde görev almayı izne bağlayan genelgenin, imam hatip okullarını bitirenlere uygulanan farklı katsayıyı kaldırabilmek için, sınav sistemiyle oynamayı bile göze alan çabaların, ilahiyat fakültelerinde YÖK kararlarıyla yaşanan gelişmelerin, ilahiyat ön lisans mezunlarının Diyanet İşleri Başkanlığı dışındaki kamu kurum ve kuruluşlarında da çalışabilmesine olanak sağlayan değişikliklerin belirttiği durumun kanıtı olduğunu" iddia etti.
 
Serim,dilekçesinde şunları kaydetti: "Ayrıca, bilimsel çalışma yapılmadan, yeterli alt yapı oluşturulmadan, gereksinimi karşılayacak öğretim elemanı sorunu çözülmeden, üniversitelerden, akademisyenlerden ve ilgili çevrelerden görüş alınmadan, daha da önemlisi hangi alanlarda işgücü gereksinmesi olduğunun saptanmasına ilişkin Anayasa buyruğu yerine getirilmeden, yine Anayasa’nın buyurucu kuralı gereği üniversitelerin yurt düzeyine dengeli yayılması gözetilmeden, hiçbir ülkede benzeri görülmeyecek hız ve sayıda üniversite açılmasına uygun görüş verilmesi, aşırı kontenjan artışı yapılması ve taban puanla tercih yapabilmek için gerekli barajın düşürülmesi YÖK’teki iktidar yanlısı tutumun ulaştığı boyutu göstermesi yönünden önemlidir. Bu tutum, ne yazık ki, yükseköğretime bir şey katmamakta, tam tersine yükseköğretimi ’okullaştırarak’ düzeyini düşürmektedir." Anayasal kurumların uyum içinde çalışmasının istenen bir durum olduğunu ifade eden Serim, "Ancak, uyum bahanesiyle sergilenen ’teslimiyetçilik’, daha açık anlatımıyla, ’tebliğ-tebellüğ’ kültüründen gelmediğimiz için ’talimatla çalışma’ hiçbir biçimde kabul edilemez ve YÖK’ün anayasal konumuyla bağdaştırılamaz" dedi.

Serim, bunun kısa süre önce yaşanan son göstergesinin de "Sabancı, Okan ve Işık üniversitelerinin genel kurallara aykırı uygulamalarının, ’yaygınlaştırmak’ bahanesiyle yasallaştırılması" olduğunu savundu. Bülent Serim, dilekçesinde, "Adı geçen üniversitelerde uygulanan genel dışı sisteme ilişkin 20 gün önce alınan tersi yöndeki Yükseköğretim Genel Kurulu kararının, bilimsel çalışma yapılmadan, yükseköğretim kurumlarının ve ilgili çevrelerin görüşü alınmadan, doğruluğu tartışılmadan değiştirilmesine katılmak, ilkesel bazda olanaklı değildir" görüşüne yer verdi. –
 
-REKTÖR SEÇİMLERİNDEKİ TERCİHLER DÜŞÜNDÜRÜCÜ-
 
YÖK Genel Kurul toplantısından önce görüşülecek konuların kararlaştırıldığını, kurallar gereği gündeme alınıp, "blok oy" yöntemiyle, esasen kabul edilmiş konulara hukuksallık kazandırıldığını iddia eden Serim, şunları kaydetti: "Bu, o boyuta vardırılmıştır ki, Sayın Başkan Genel Kurul yetkisinde olan konularda önceden, sanki Kurul’ca kabul edilmiş gibi basına açıklama yapabilmektedir. Çalışma Yönetmeliği’ne, toplantı mantığına ve genel kabul görmüş toplantı geleneğine aykırı olarak, gündem eki raporların ve diğer metinlerin önceden üyelere dağıtmayarak, toplantı sırasında tartışmaya açılması da konuların Genel Kurul toplantısından önce kararlaştırıldığının bir başka örneğini oluşturmaktadır." Rektör seçimlerindeki tercihlerin "ülkenin eğitim sistemi yönünden düşündürücü" olduğunu savunan Serim, "Bu seçimlerde, bilimsel yeterlilik, deneyim ve üniversitenin tercihi yerine, türbana özgürlük bildirisine imza koymak, siyasal yandaşlık ya da ilahiyatçı özellik gibi ölçütlerin ağırlık kazanması kaygı vericidir" iddiasına yer verdiği dilekçesine şöyle devam etti: "Amaç, üniversiteleri ’yandaş’ kurumlar durumuna getirmek, ’hoşgörü’ ve ’görmezden gelme’ yöntemiyle üniversitelerde türban yasağını kaldırmak ve karşıt görüşleri sindirmektir. Anayasal kurallara, Anayasa Mahkemesi, Danıştay, Yargıtay ve AİHM kararlarına karşın, üniversitelerde türbana hoşgörü göstermek büyük hukuksal sorumluluğu da birlikte getirecektir. Karşıt görüşlerin sindirilmesi konusunda başarılı olunduğu ise, gözlerden kaçmamaktadır. Ne yazık ki, kendilerini doğrudan ilgilendiren konularda bile bilim insanlarının suskunluğu inanılır gibi değildir. Ayrıca, atanan rektörlerle oluşturulan yönetimlerin, laik Cumhuriyetçi öğretim üyelerinden ’öç’ alma ve ideolojik yandaşlarını ödüllendirme gruplarına nasıl dönüştükleri ibretle izlenmektedir. YÖK’ün özgürlük anlayışı, ne yazık ki, yalnızca ’türbana özgürlük’ ve benzeri konularla sınırlı kalmakta, çalışmalar çoğunlukla, üniversiteleri doğrudan ilgilendiren konularda bile görüş almaya gerek duymayan ’merkeziyetçi’ bir anlayışla yürütülmektedir. Dünyadaki uygulamalarda üniversitelere daha fazla özgürlük verilmesi gündemi işgal ederken, YÖK’ün üniversite özerkliğini, anayasal kurallara ve Anayasa Mahkemesi’nin konu ile ilgili kararına karşın yalnızca bir slogan olarak algılaması kabul edilebilir bir olgu değildir."
 
–ÖĞRENCİLERİ ’MÜŞTERİ’ GİBİ GÖREN YAKLAŞIM...-
 
Kabul edilemeyecek bir başka konunun da "yükseköğretimi kazanç kapısı ve öğrencileri ’müşteri’ gibi gören yaklaşım" olduğunu ifade eden Serim, "Araplarda çok para var" yaklaşımıyla, Türk üniversitelerine öğrenci çekebilmek için Arap ülkelerinin ziyaret edilmesinin, bakış açısını ortaya koyan son örnek olduğunu ileri sürdü. Serim, "Korkarız ki bu yaklaşımın ardından Arap üniversitelerine denklik verilmesi gündeme gelecektir" dedi.

Yükseköğretim Yasası’nın 53. maddesi ile Disiplin Yönetmeliği’nde değişiklikle "yandaşların geçmiş cezalarını ortadan kaldırmaya yönelik çaba sergilendiğini" iddia eden Serim, "laiklik karşıtı eylemlere ilişkin soruşturmaları zaman aşımına uğratarak gündemden çıkarmanın, gerçek gidişin yönünü göstermesi açısından önemli olduğunu" ifade etti. Serim, dilekçesinde şunları kaydetti: "Bu gelişmelerden yükseköğretim ve ülkemiz açısından büyük kaygı duyuyorum. Bugüne kadar, kimi üye arkadaşlarla gerek Genel Kurul toplantıları sırasında, gerek kamuoyu önünde yaptığımız uyarıların sonuç vermemesi, beni istifa noktasına getirmiştir. Bu kararımda, YÖK Başkanvekili’nin ’Kuran kursları cemaat ve tarikatlara bırakılmalıdır’ yolundaki ifadesi ve YÖK Başkanı’nın basına yaptığı ’yeni sınav sisteminde farklı katsayı uygulaması kaldırılacak’ açıklaması son noktayı koymuştur. Laik Cumhuriyet ile asla bağdaşmayan bu düşüncenin çoğunlukta olduğu Yükseköğretim Kurulu’nda görev yapmanın yükü, kaldırılamayacak boyuta ulaşmıştır. Sergilenen ’oyunun’ parçası olmamak için, Yükseköğretim Kurulu üyeliğinden istifa ediyorum."